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第一部分：修行旨要
第一部分的修行旨要，是將1362個經，除「604經、640經、641」三經外，每一經均依其原經文加以整理分析，勾劃並說明每一經的大意旨要。
本書將1362經劃分為如下幾個主題（誦）：
（1）五蘊誦：1─189經
（2）六入處誦：190─320經
（3）雜因誦：321─488經：
a321─369經：緣起誦
b370─377經：食誦
c378─406經：諦誦
d407─442經：解說四聖諦的相關經文
e443─453經：界誦
454─464經：界誦
f465─488經：受誦
（4）弟子所說誦：489─564經
（5）質多羅優婆塞相應：565經─575經
（6）如來所說誦：576─618經
（7）619─639經
（8）道品誦：640─872經
（640、641：略）
（9）如來所說誦：
a873─971經
b972─1049經
（10）八眾誦：1050─1362經
第二部分：大乘思想
內容包含有11個與大乘思想相關的主題
1.大乘思想（1）
佛、佛與阿羅漢的差別
2.大乘思想（2）
菩薩摩訶薩、聲聞、辟支佛
3.大乘思想（3）
緣起法
4.大乘思想（4）
真如
5.大乘思想（5）
一心
6.大乘思想（6）
一住
7.大乘思想（7）
一乘道
8.大乘思想（8）
中道、二邊
9.大乘思想（9）
止觀
10.大乘思想（10）
禪定
11.大乘思想（11）
影響的大乘經典
作者出版此書的動機概述如下。
作者於前文曾提及，閱讀阿含經令人「驚覺」，驚覺之餘，深覺如此重要而實際的經典，應該廣為宣傳。故萌發出書推廣之念，讓眾生能夠實得利益，從而去苦得樂。
所以於此將所以「驚覺」的原因敘述如下：
（1）四阿含經是佛陀親口所說的記錄，而且結集的時間只離佛入滅不到一個月的期間，故四阿含經的內容與佛的思想最為貼近。
（2）指出佛也是阿羅漢，二者之不同在於，佛具有十力。
2.1佛也是阿羅漢，意謂在修行解脫上二者無差別。
2.2二者不同之處如下：
a佛具有十力，阿羅漢無十力。
b佛是自覺，覺他，覺行圓滿。阿羅漢的覺是來自佛所教授，並非自覺。
c阿羅漢是佛的聲聞弟子，而佛是自覺，而且一個「大千世界」只有一個佛。而佛在世時候，其弟子很多人在他的教授下成就阿羅漢。
（3）北傳佛教認為阿羅漢只斷我執，證我空；末斷法執，未證法空。常以這一點來區別阿羅漢及菩薩。
但依阿含經，指出阿羅漢「諸漏已盡」，漏即是煩惱，諸漏指所有的三漏煩惱。已斷我（我執）及我所（主觀法執。而且阿羅漢所修成的「四念處」不但成就自（自己），也成就他（他人），而且自他不分別。七覺支也是一樣，成就內（內法）、外（外法）及內外（內外法無分別），
可見阿羅漢也破「他及他所」之客觀法執。
所以「北傳佛教」二千年來「誤認」阿羅漢只破我執，只證我空（生空），這真的是「很大的」誤知。
所以才有大小乘之名，及大小乘之區分。分依阿含經，阿羅漢「諸漏已盡」，已斷盡「三漏煩惱」，三漏包括欲界煩惱（欲漏）；色界、無色界的煩惱（有漏）及三界的無明（無明漏）。
依俱舍論，煩惱的分類，漏有三漏，即欲漏（欲界）、有漏（色界及無色界）、無明（泛指三界之癡）漏）。
依唯識，無明有二種：枝末（分別或一念無明）和根本無明（無始無明）。
依天台宗，惑有三種：見思惑，麈沙惑、無明惑。依勝蔓經有五惑：三界見惑、欲界愛、色界愛、無色界愛、無明住地。
「分別無明」在三惑指「見思惑、麈沙惑」（也有人將麈沙惑另分出稱為麈沙無明），三惑的「無明惑」即是「俱生無明或根本無明）。
此「俱生無明」相當於勝蔓經的「無明住地」。
依照唯識，分別無明及俱生無明均有「我執」及「法執」二種。
「分別無明」（一念無明、枝末無明）的「分別」是指後天性，即「此生」出生後所累積的無明，包括「見思惑、麈沙惑」。
所以，阿羅漢及菩薩都已破「分別無明」之我執及法執，這一論點與北傳佛教非常不同。北傳佛教「認為」阿羅漢只破分別無明的我執，而尚未破法執。
只是阿羅漢得涅槃後即超出三界，不再回三界度生；而依唯識宗及天台宗、華嚴宗的觀點，「菩薩」涅槃後，仍會回三界繼續潤惑度生，而於潤惑度生中同時繼續修持，以期破「俱生無明」（即根本無明；無始而有的無明；即無明住地）。
菩薩須入菩薩初地後才開始修習破「俱生無明」的我執及法執（這是唯識學派的看法）。
從初地到十地，一地一地漸漸破除「俱生無明」的我執及法執。於菩薩八地破「俱生無明」的我執，於菩薩十地破「俱生無明」的法執（以上是唯識宗的看法）。
（4）雜阿含經很少提到菩薩位階，明顯不同於北傳佛教的非常重視菩薩。
於中國南北朝時，「十地經」（即華嚴經的十地品）曾風靡一時，即使時至今日，菩薩的思想也是深植在北傳佛教的修行人心中。
而阿含經則整個重心放在阿羅漢的修行，佛陀的教導也是一樣，主要教導弟子們成就阿羅漢。
依俱舍論所述，其可能原因如下：
a菩薩必須經「四階成道」才能成佛，四階的第一階是須歷三阿僧祇刼的利他修行。第二階須歷百大刧的自利修行。第三階出生王宮出家修行。第四階是六年修行成道。
足見，修行菩薩位階相當困難，因為修成阿羅漢後，還要歷經相當長久的修行。所以阿含經重點放在阿羅漢果的修行。在佛陀的教授及教誡下，他的弟子當生成就阿羅漢的非常多。
（5）阿含經對辟支佛的論述也非常少，只提及修四念處也可以得辟支佛。
（6）阿含經非常重視以「人」的階段「實際修行」，以成就阿羅漢。
佛對無助修行的「十四無記」（探討世間常、無常；世界有邊、無邊；佛死後是有或無；命與身是同，是異）的問題不予回答。佛陀認為上述問題都著二邊，著二邊則抵觸「緣起法」及「中道論」，所以問題本身已是無意義的問題，答任一問都無助於問者的修行，所以不予回答。
而大乘則對上述問題均喜歡探討，牟宗三說上述問題都應該要回答。
（7）阿含經只提及「真如」一詞，完全未提及「佛性、如來藏」的名相。阿含經有提及「真如法」，但說真如法就是一乘道，就是「四念處」，也未進一步討論「真如」的「本體論」的「大我」思想。
一般俗人所認識的「五陰中的我」是「實我、實個體自我、實小我」，但阿含經極力指出「五陰中的我」是「無常、苦、空、無我」；是「非我、非我所」；是非「是我、異我、相在」。
但阿含經只討論到「空」，而未進一步討論到「不空」的「大我：真如、佛性、如來藏」的本體論問題。
其實「本體論」只是一種類似哲學的理論，雖然也是「正見」，是「佛」的究竟境界，但若以「人」的角度而言，根本無法達成。如華嚴經所言的「十玄緣起」、「一即多、多即一」、「六相圓融」等都是正確的「佛」的境界；如六祖的「本來無一物，何處惹麈埃」、「應無所住也生其心」；及天台宗智顗的「即空即假即中」；禪宗的「頓悟成佛」；密宗的「即生即身成佛」等，雖都是了義的「佛境界」正見，
但以「人」而言，做得到嗎？
所以今生今世，只要能夠成就「阿羅漢」，就如佛常在阿含經所說：「諸漏已盡，梵行已立，所作已辦，不受後有」，就是此生的最高成就了。
（8）阿含經指出，成就阿羅漢即「諸漏已盡，梵行已立，所作已辦，不受後有」，上文意指成就阿羅漢即超出三界，「不受後有」，即不會再「退」之意。
但依俱舍論，阿羅漢有六種（退、思、護、安住、堪達、不動），只有「不動」才是不會退。
阿羅漢的退有二種：果退（由四果退三果或二果、一果）；性退（由堪達退回安住或護、思、退）。
個人以為俱舍所言的「會退」的阿羅漢，或可歸類於「阿羅漢向」？
（9）依阿含經，佛也是阿羅漢。所以天台宗、唯識宗或華嚴宗的修行位階，認為阿羅漢的修行位階只到「七住位」，這種看法已具爭議了。依阿含經，阿羅漢：「諸漏已盡，梵行已立，所作已辦」，阿羅漢已斷盡三漏煩惱（即三界的煩惱及三界的無明），即已破分別無明的我法二執，所以已具備登上「菩薩初地」的條件了。
只是菩薩上了初地以後，仍繼續回三界潤惑度生，以期繼續破除「俱生無明」的我法二執，但阿羅漢則不再回三界了。
阿羅漢超出三界後，到底去那裏？阿含經並未解答。
若依大乘佛土論，阿羅漢會去「方便有餘土」。
但佛如何修得十力？阿含經也未解答。
阿含經於十力中曾言及，十力須累刼才能修得。
菩薩因為會回三界，可以在三界中累刼累世的修行，但阿羅漢未回三界，在方便有餘土修嗎？？
（10）讀阿含經最大的驚喜是，它提供了以「我們這一生」，「我們這一個人」許多「實際的」修行方法，目的都是去苦得樂，趨向
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