新編諸子集成收入先秦到唐五代子書，著重選收與哲學、思想史的研究關係較密切的。個別不屬於子部的書如班固的白虎通義，因與哲學、思想史的研究關係較密切，擬選入。
全書分兩輯，第一輯所收子書與舊本諸子集成略同，是一般研究者經常要閱讀或查考的書。每一種都選擇到目前為止較好的註釋本。極少數尚無註釋本的，另行註釋。有的書兼收數種各具優長的注本。為保持體例基本一致，除個別書外，一般只收用文言或淺近文言撰寫的注本。各書正文、注文一律加以新式標點，校正版刻或排印錯誤。
第二輯，收集第一輯這外的其它子書。其中大部分沒有現本，凡有必要進行註釋的，應加註釋，其餘的選擇較好的版本進行點校。

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