行政院衛生署秉承重視中、西藥用藥安全之政策，於93年3月9日首次公告中華中藥典，收載中藥品項200種，後於94年8月31日公告更名為「台灣傳統藥典」。另為使藥典各方面更代表台灣之特色，本次更名為「臺灣中藥典」。本次第二版正文刪除石榴根皮，新增101品目，共計300品目。通則部分新增中藥基準方200方及其組成，新增「毒劇中藥一覽表」。呈色法由63%降為7%，薄層層析法由55%增為87%，高效液相層析法之比例從第一版中華中藥典的18%，提升至35%。薄層層析法檢驗中使用毒性較大之苯、三氯甲烷、四氯化碳等也漸漸以毒性較小之溶媒替代。編入中藥中重金屬、農藥殘留、黃麴毒素及微生物等異常物質限量，俾利查閱。

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