全書共五篇四十八章，內容主要來源於三個方面：一是從毒理學和藥理學中將藥物毒理學的部分分化、獨立出來的內容；二是從一次文獻中收集。整理、歸納的內容；三是從作者科研實驗中得出的結果。
本書主要內容如下：第一篇介紹藥物毒理學的原理；第二篇闡述藥物對肝臟、腎臟、血液系統、免疫系統、呼吸系統、神經系統、心血管系統、內分泌系統、皮膚等靶器官的毒性作用，並論述藥物的致癌作用、生殖和發育毒性、遺傳毒性、藥物依箱和成癮性等；第三篇闡述臨床用藥過程中，藥物的毒性作用、毒理學機制、防治措施等，並做實例分析；第四篇介紹了全身用藥、局部用藥的毒性評價，藥物致癌、致畸、致突變及成癔性作用評價的基本原理與基本方法；第五篇闡述了藥品主管部門防控藥品風險的政策措施，藥品生產單位和使用單位在藥品風險控制中的責任和義務。此外，本書還對2001年以來國家藥品不良反應監測中心發佈的藥品不良反應資訊通報進行瞭解讀和分析。

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