《張志聰醫學全書》收錄了張志聰現在存世的8部醫學著作，即《素問集注》九卷、《靈樞集注》九卷、《傷寒論宗印》八卷、《侶山堂類辯》二卷、《傷寒論集注》六卷、《金匱要略注》四卷、《本草崇原》三卷、《醫學要訣》四卷，共45卷，計173萬言。這是清代以來較完備的張志聰醫學著作全集，為今人研究張志聰的學術思想，學習其治療經驗，提供了一份較完整的文獻資料。
《素問集注》、《靈樞集注》為闡發《內經》之理，集諸家一得之見。張志聰之注，開集體創作之先河，俾後人讀《素問》而知病之所由起，讀《靈樞》而識病之如何瘳。《傷寒論宗印》、《傷寒論集注》註解《傷寒論》，雖然維護傷寒舊論，但在理論研究上，能獨立思考，提出看法。
《金匱要略注》重視以經解經，所引用的經書有《素問》、《靈樞》、《傷寒論》、《難經》等，其中以《內經》、《傷寒論》最多。《侶山堂類辯》是張氏集同學及弟子數十人，在侶山堂研討中醫學術、醫理之文集。本書論辨的中心思想在於研究中醫學術之同異，而辨其是非。其所論辨的內容，有屬於臟腑、經絡、氣血、病因等基礎理論的；有屬於四診、八綱等診斷學說的，有屬於辨病辨證施治的；有屬於醫籍評介的。下卷主要論述中藥。其卷首與卷末載方藥論10餘篇，卷中論述了40多種藥物的命名、性味和功用主治等。
《本草崇原》是歷史上第一部註釋《神農本草經》的藥學專著。全書共分三卷，按三品分類法，運用五運六氣的理論，對300味中藥的藥性做了恰當的解釋。其註釋，基本上不離《本經》原文宗旨，其發揮之處，或為前人經驗的總結，或為張氏本人的心得體會，是一部可供中醫臨床、中藥研究參考的實用價值較高的本草學專著。
《醫學要訣》分脈訣、經訣、草訣和藥性備考。脈訣就其生理脈象、病證脈像作了較為貼切的註釋；經訣就十四經脈的循行及相關病證作了進一步的解釋；草訣註釋了陰陽氣味升降浮沉，五味所歸，五走、五欲、五禁五宜、五臟六腑用藥氣味補瀉，藥有須使畏惡等法像。其對藥物的註釋有300種，分別闡述了各種藥的性味和功能主治；藥性備考分水部、土部、金石部、草部、菜部、谷部、味部、果部、木部、蟲部、魚部、禽部、獸部等，分別就其中性味、功能主治作了說明。

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