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當時的執政黨運用媒體力量，大篇幅報導憲警受傷的畫面，將執政黨描繪成被害者，而將黨外人士塑造成極端的暴力份子，試圖影響臺灣人民的判斷。隔日，警備總司令下令拘捕美麗島事件相關人士。
13日，一場世紀大逮捕即刻展開。
先是查封美麗島雜誌社總部，緊接著軍警與情治人員展開大搜索，於當日清晨分頭逮捕黃信介、張俊宏、姚嘉文、林義雄、陳菊、呂秀蓮、林弘宣等人，逃脫的施明德立刻遭到全面通緝，雖有各界援助，無奈仍逃不過追緝，施明德最終於1980年1月8日在台北市遭情治單位逮捕。除了美麗島雜誌社的主要幹部，連同相關的黨外人士，無一倖免，均被逮捕入獄。
執政黨大規模的搜索行動，為了殺雞儆猴，政府準備以軍事法庭審判多名被告，引起國際人權團體與臺灣海外人士的高度關注，紛紛進行海外聲援。在海內外各界人士的多方奔走下，最終將進行臺灣史上第一次公開的軍法審判。但在羈押期間，多名被告遭到肉體虐待、語言暴力、心理恐嚇與戰術......等嚴重程度不一的刑求，身心受到極大的創傷。
該年2月20日警總以唯一死刑的叛亂罪起訴黃信介、施明德、張俊宏、姚嘉文、林義雄、陳菊、呂秀蓮、林弘宣等八人，其他人則送司機機關審理。遭到起訴之後，八名被告在熱心律師的協助之下，組成15人的律師團，分別為為江鵬堅、鄭慶隆、張政雄、鄭勝助、呂傳勝、尤清、鄭冠禮、高瑞錚、郭吉仁、張火源、謝長廷、陳水扁、張俊雄、蘇貞昌、李勝雄。辯護律師團必須冒著被視為叛亂份子，甚至成為被告的決心，挺身而出，為申張正義。
然而，在審判前二周前的228前夕，被告林義雄的家中發生了三死一重傷的滅門血案。律師團擔心影響被告的心情，不准任何人告訴八名被告。
1980年3月18日在景美的軍法處第一法庭展開長達十天的世紀大審判，由於海內外人士的奔走，也使得這場軍法審判聚集了國內外各家媒體。律師團的義正辭嚴，與第十天被告們的「最後陳述」，八名被告慷慨激昂的訴說著對臺灣民主的追求與這塊土地的熱愛，登上國際媒體與國內頭條，美麗島的眾人，用生命追求民主，永不退縮的理念，呈現在社會大眾的眼前，也成了1980年代臺灣民主運動的契機。
同年4月18日判決出來，八名被告均被以「「懲治叛亂條例」第二條第一項意圖以非法之方式顛覆政府而著手實行」被定罪，最後在美國與各界壓力下，沒有人被判死刑。
軍法法庭的宣判，當然無法讓臺灣人民信服，該年年底的立委與國代選舉，與隔年的縣市長與省市議員的選舉，美麗島相關人士紛紛高票當選。這是人民用選票一同參與臺灣民主最重要的一個篇章。
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