為強化做為本校之特色「東南亞研究」，進而成為台灣東南亞研究之重鎮，本中心於九十三年獲教育部「輔導新設國立大學健全發展計畫」之子計畫「在地的東南亞研究」經費補助，於該年三月發行《台灣東南亞學刊》（Taiwan Journal of Southeast Asian Studies），並陸續在每年四月及十月出刊。
目前本刊已是國內唯一專業且具嚴格審查制度的東南亞研究學術專刊，除可滿足國內外優秀東南亞研究學者之投稿需求，亦可彰顯本校在國內東南亞研究領域的卓越成就。

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