1951年5月，因明清史料檔案整理之初，礙於經費限制，僅作初步分類工作，其關於每類實在的件數並無記錄；又因先前對保管檔案的辦法似欠妥善，故而重新清查件數及重新辦理登記。整理準則，除了承傅斯年所長之意，以刊布原料為第一，而研究次之。再者，史語所既在臺灣便以多蒐集臺灣的史料以貢獻於臺灣，今印行之《明清史料戊編》即為臺灣史料之一。

此項史料，就是這次清查時將檔案內所有關於臺灣的事件，悉數提出抄錄副本，分期付印，姑纂為一集共十本，每本俱依年月編排之。戊編十本之外，還有許多史料為戊編所不能全收者，如順治年章奏與鄭成功½½
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