小小的名偵探．江戶川柯南的真實身份是高中生名偵探·工藤新一。
他一邊追蹤給自己灌下AP-TX4869，讓自己變小的黑衣組織的線索，同時解決著無數的困難事件。
此時，潛入組織的CIA情報員，水無憐奈告知組織派出了新的搜尋專家，代號波本。
幾乎同時，有個謎一樣的大學研究生，沖矢昂出現在了柯南面前，並住進了新一家裡，和他有什麼關係嗎……
此時波洛咖啡店裡的阿梓小姐的哥哥被懷疑和謀殺事件有關，卻就此失蹤，員警對妹妹阿梓布控。柯南挑戰了事件的真相！

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